Bt殺蟲劑通常用于幫助消滅尺蠖和其他害蟲蘇云金芽孢桿菌對人類和野生動物似乎是安全的。它通常噴在農作物上,但自20世紀80年代以來,一些植物,包括煙草、玉米和棉花,已經通過基因工程來表達蘇云金芽孢桿菌毒素,從而減少了殺蟲劑的使用。這種基因改造可防止并非作物掠食者的昆蟲受到傷害,使用蘇云金芽孢桿菌引起的一些問題包括害蟲對毒素抗性的進化以及蘇云金芽孢桿菌對非目標害蟲的易感性在作物中使用蘇云金芽孢桿菌還有其他可能的問題,盡管這是有爭議的。一些研究人員聲稱,玉米作物對帝王蝶有潛在的致命性。另一個針對蘇云金芽孢桿菌改性玉米的有爭議的說法是它正在污染自然的玉米種群最近,一些研究人員提出蘇云金芽孢桿菌與菌落塌陷癥(CCD)之間可能存在聯系,工蜂突然從蜂群中消失的一種現象。由于蜜蜂是許多重要作物的傳粉者,CCD在世界范圍內是一個嚴重的農業問題。對蘇云金芽孢桿菌的使用提出的任何擔憂都沒有得到證實,但也沒有正面的證明,蘇云金芽孢桿菌(Bacillus thuringiensis)對人類和野生動物似乎是安全的,通常噴灑在農作物上。
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