GCMS用于非法藥物調查。逐漸升高的溫度會導致化合物破入其組成部分,離開腔室,然后通過可變速率進入探測器。帶電,粒子觸發電子信號。粒子濃度越高,產生的信號就越強。然后用計算機軟件對這些信號進行分析。計算機生成一個色譜圖,圖中顯示了化合物的保留時間和信號強度。知道了各種物質的保留時間化合物使研究人員能夠識別它們。進一步的分析在質譜儀中進行。一旦化合物進入光譜儀,它們會遇到一系列電子或氣體。發生電離,將化合物分解成碎片,每個碎片具有特定的原子質量這些碎片通過編譯質量碎片與電荷比(M/Z)進行分析。這些信息傳遞到氣相色譜儀-質譜儀計算機,該計算機根據M/Z與信號強度繪制一個帶峰值的圖表。計算機軟件通常包括已知M/Z比和信號強度的數據庫不同的化學分子。計算機識別物質,將獲得的信息與已知物質庫進行比較。氣相色譜質譜儀可以單獨或同時完成每個分析階段。取決于所需的詳細程度,完成這一過程可能需要20分鐘或20多個小時。執法人員在懷疑存在非法藥物或有毒物質時使用氣相色譜儀質譜儀。環境機構使用該技術分析空氣、土壤或水樣,以檢測可能的污染物。醫療保健專業人員在尿液樣本上使用GCMS來檢測在某些代謝紊亂患者體內發現的化合物。
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