治療腳趾甲真菌的最佳方法可能取決于一個人的預算和感染的嚴重程度。自然療法，局部治療，對于頑固性的腳趾甲真菌感染，口服藥物甚至手術都是可以解決的，選擇哪種方法治療腳趾甲真菌往往會影響到去除甲真菌的成功率，如果患者希望在一定的量內看到改善，選擇正確的去甲真菌治療方法是極其重要的隨著時間的推移。
真菌性腳趾甲感染可能需要六個月才能痊愈。
治療腳趾甲真菌的自然療法很多，但其療效值得懷疑。這些類型的治療方法的結果可能會有所不同而且可以根據個人情況而定。它們也可能比處方藥需要更多的治療時間。茶樹油是這些受歡迎的自然療法之一，許多人在初次治療后的幾個月內報告病情好轉。
腳趾甲真菌可能需要口服藥物。
局部腳趾甲真菌治療可能是最有效的常見的。涂在指甲上的清漆、凝膠和乳霜通常有助于治療感染。這些治療通常只針對輕微的腳趾甲真菌感染，因為許多人很少能成功地進行局部治療，這是因為如果不通過專業的打磨來操作指甲，抗真菌藥物所需的穿透力是不可能實現的，鉆孔甚至手術。
一些腳趾甲真菌感染可能需要口服處方藥。這些藥物可以清除腳趾甲真菌，但也可能對肝臟造成損害建議在開始使用這些藥物之前檢查患者肝臟的狀態。
對于那些正在尋找腳趾甲真菌治療方法的人來說，手術通常是最后的手段。去除整個腳趾甲可能會花費高昂，并且會給患者帶來不適感。只有在以下情況下，才認為去除腳趾甲才是治療腳趾甲真菌的方法這種真菌對任何其他治療都沒有反應。要想成為去除腳趾甲的候選者，患者通常也會因為腳趾甲的形狀和大小而遇到問題。
重要的是要認識到，腳趾甲真菌感染需要長達6個月的治療才能清除。因此，患有腳趾甲真菌的人在嘗試使用腳趾甲真菌療法時必須勤勉。在治療腳趾甲真菌有效之前停止治療可能會導致真菌殘留在指甲上。治療持續六個月甚至一年的情況并不少見。
面霜可用于對抗腳趾真菌。