膝關節囊腫有很多種可能的治療方法，根據囊腫的具體類型選擇不同的治療方法。囊腫是一種囊或囊袋，可能充滿液體或較厚的物質。由損傷、類風濕性關節炎或痛風引起的膝關節囊腫可以用藥物治療，感染的囊腫通常對抗生素有反應。治療任何潛在的病因都很重要，或者囊腫可能會復發。引起癥狀且不能用藥物治療的膝蓋囊腫可能需要手術切除。
某些膝蓋囊腫可以用壓縮繃帶進行治療。
大多數發生在膝關節的囊腫都是由所謂的囊囊形成的。囊是位于關節摩擦部位的囊。如果關節過度使用導致損傷，這些囊可能會充滿液體，形成囊腫。
如果膝蓋囊腫受到感染，抗生素治療可能在囊腫排出之前無效。
這種類型的膝關節囊腫的治療通常是醫學上的，結合休息、壓迫繃帶和所謂的非甾體抗炎藥（NSAIDs）。在現有疾病（如痛風）導致囊泡發展為膝蓋囊腫的情況下，藥物治療的重點是潛在的情況。如果囊腫被感染，抗生素治療可能不會完全有效，直到囊腫被針吸出來，使用注射器取出囊腫內容物。
膝蓋示意圖，包括韌帶
膝關節囊腫中最常見的一種稱為腘窩囊腫或Baker囊腫，它是由膝關節后部的囊形成的。通常，當膝關節內的結構受到損傷時，就會出現Baker囊腫，但也可能發生在骨關節炎和類風濕性關節炎等疾病的患者身上。可能會出現膝關節周圍疼痛和液體的癥狀。這種類型的膝蓋囊腫可以在家里進行治療，使用非甾體抗炎藥、休息、冰敷和繃帶。如果癥狀持續存在，醫生可以在膝關節內注射皮質類固醇藥物，以減輕腫脹和疼痛。
，理療可以用來加強關節和增加活動性。
雖然貝克囊腫通常不通過手術切除，但可能需要手術來修復可能導致囊腫形成的膝關節損傷。一種長而薄的儀器，稱為關節鏡，可以拍照將關節內部的一部分插入膝關節內。這使外科醫生能夠發現任何受傷的結構，并使用關節鏡相關的工具進行修復。通常情況下，膝蓋囊腫不是由囊形成的，其癥狀不能通過其他方法緩解，很可能需要手術切除。
患有膝蓋囊腫的人通常會感到疼痛和腫脹。
在膝蓋上敷冰袋可能有助于減輕囊腫帶來的疼痛
膝蓋囊腫通常不需要切除，但可能需要手術修復導致囊腫發展的問題。
類風濕性關節炎引起的膝囊腫通常用藥物治療。