有許多醫學狀況需要腦干手術。由于腦干的位置，對外科醫生來說，腦干手術是最困難的。動脈瘤和出血，都是出血事件，需要立即手術來挽救病人的生命。對于導致腦干腫瘤發生的不同形式的癌癥，外科醫生有更多的時間來計劃手術并避免給患者帶來負面副作用。
腦干在物理上連接著大腦和脊髓。腦干內有三個不同的部分，即髓質、腦橋和中腦。除了充當大腦和脊髓之間的通道外，這三個區域還負責身體的無意識生命功能，如呼吸，喚醒、血壓和食物消化。腦干的重要性使任何影響腦干的疾病都可能危及生命。腦干手術也是非常危險的，因為外科醫生的任何錯誤都可能導致患者死亡。
動脈瘤或內出血可能需要腦干外科手術。
無論患者出現什么樣的腦干疾患，最重要的信息是腦干上的疼痛位置。對于外科醫生來說，腦干處于一個很難觸及的位置；骨骼、動脈和靜脈都會阻塞通路。因此，外科醫生可以使用近12種外科技術，例如，外科醫生可能需要在耳朵附近開一個切口才能到達腦干，盡管可能會導致聽力損失，但許多外科醫生用這種方法來換取病人的生命
腦干控制呼吸和心率，使之成為生存的關鍵。
出血事件，如動脈瘤和內出血，如果患者要存活，就需要立即進行腦干手術。這兩種情況都會使大腦失去血液，如果不治療，幾分鐘內就會死亡。由于時間因素，許多患者除非活下來，否則無法存活已經住院。
某些類型的癌癥也需要腦干手術。
許多癌癥也需要腦干手術。雖然腦干上的腫瘤可以這種情況下，青少年腫瘤手術后的生存率一般不超過一年。一般情況下，兒童腫瘤手術后的生存率要比手術前快得多是90%。
12個顱神經起源于腦干核團。
出血和癌癥以外的其他疾病需要腦干手術。例如，海綿狀血管瘤伴有一個或多個含有淤血的極度擴張的血管。雖然它們可以出現在身體的任何地方，但大多數都發育在大腦或腦干附近的血管中。就像切除腫瘤一樣，發達國家的醫生可以獲得血管瘤的三維圖像。一旦血管被切除，它不會再出現在病人身上。
腦干位于大腦底部，并與脊髓進行物理連接
腦干手術本身就是危險的手術，外科醫生很難實施。
腦干是大腦與脊髓的物理連接，充當兩者之間的通道。