轉基因番木瓜的利與弊是爭論的話題。總的來說，轉基因食品通常對某些昆蟲和其他蟲害具有抵抗力。缺點主要與這些食物長期以來沒有被證明是安全的這一事實有關，因此，一些環保組織和衛生組織認為轉基因食品大量食用會對人體健康造成危害，是一種病毒性植物疾病，會在植物葉片上造成圓形病變。
轉基因番木瓜被開發成對木瓜環斑病毒有抵抗力，這種病毒會對植物的作物造成毀滅性的破壞。它們已經被開發出來，在本文撰寫之時，在許多國家都可以買到還有更多的國家還沒有加入這一行列，但該行業的官員們正試圖確定需要采取哪些措施使其更廣泛地被使用。許多最初出售轉基因番木瓜的國家都是工業化國家，而發展中國家則落后于此。
傳統和轉基因番木瓜都富含纖維和維生素，例如，關于轉基因番木瓜和其他食品的生產和銷售，存在著激烈的爭論。一方面，能夠種植更多的作物，而不必擔心病毒和其他病原體破壞植物，這意味著可以種植更多的糧食。種植更多的糧食，意味著還有更多的事情要做這是辯論的一個重要方面，因為世界人口在增長，而傳統作物的產量可能不足以無限期地養活所有人。
，減少作物損失意味著農民可以通過銷售作物賺取更多的錢來養活自己的家庭。這對于那些可能因大面積農作物損失而陷入經濟困境的種植者來說非常重要。就木瓜而言，木瓜環斑病毒具有非常強的破壞性，使用轉基因番木瓜和其他轉基因食品的主要缺點是長期以來沒有被證明是安全的。一些衛生組織聲稱對人類健康的風險很大，所有的轉基因食品都應該被禁止在超市的貨架上出售。其他人認為，轉基因食品和傳統種植的作物一樣安全和健康。事情的真相可能要一段時間才能知道。
轉基因食品番木瓜可以抵抗諸如環斑病毒之類的疾病。