無菌配藥是在無菌環境中為患者準備定制藥物，以防止污染和維護患者安全。提供此項服務的藥房稱為配制藥房。訂購復方藥物有多種原因，從對病人過敏的擔憂到定制的化療配方。在一家配制藥房里，工作人員遵循非常具體的指導方針來保持環境的清潔和安全。
進行無菌配制的藥劑師必須對藥物有詳細的了解。
無菌配制從醫生咨詢開始。醫生與藥劑師討論藥物和患者的情況，以便藥劑師制定一個合適的配方。除了生物活性成分外，藥劑師還需要考慮使用什么作為載體和緩沖液；在軟膏中例如，需要一種藥膏來攜帶藥物，口服藥物可能需要緩沖涂層來保護胃。
通常使用定制的化療無菌化合物通過放置在胸部的特殊導管進行給藥。
配制藥房可能需要藥劑師或技術人員來制備藥物。在這兩種情況下，他們都在無菌環境中工作。有防護裝置可防止污染，在通風罩下工作是很常見的，無菌的混合物可以產生口服或注射藥物，藥劑師還可以為需要持續供應藥物的患者制造栓劑、掛在靜脈注射袋中的藥物以及進入皮膚下方泵的藥物
化療藥物通常需要定制配方，由于藥物和劑量是根據患者的需要而定的。
進行無菌配伍的藥劑師需要對藥物有詳細的了解，以便選擇最合適的成分。他們還需要考慮患者的需求。例如，患有過敏的哮喘患者，可能需要不含任何小麥或乳制品的吸入性藥物。藥劑師必須選擇適當的成分進行配制，以避免引發患者過敏。
定制藥物哮喘患者可能需要。
許多配制藥房應要求準備人用和獸藥。他們可能服務大面積，可以向無力在其經營場所進行無菌配藥的藥房提供定制藥物。這項工作需要無菌設備和先進的設施，以及通過監管檢查的能力。客戶群有限的小藥房可能無法投資必要的資金來開始無菌配制。
無菌配制可用于創建可注射藥物。
大醫院通常都有無菌配制設施，尤其是在有癌癥治療中心的情況下。化療藥物通常需要定制配方，因為藥物和劑量是根據患者的需要量身定制的。在這種情況下，藥房可能還需要放射認證，因為有些化療是放射性的
配制公司可應醫生要求小批量生產藥物。
許多藥房提供無菌制劑。