只有大規模排查,才能告訴我們全平易近傳染的真實數據,并估算無癥狀傳染率。
撰文 | 史雋
4月17日 周五
MA累計確診 34402例
自1月底國內疫情暴發以來,就看著微信群里各類謠言漫天飛。有一段時候和伴侶說笑,學生物的人比來日子過得累,白日上班,晚上還要在各個微信群幫著辟謠。
日志里提到過的西雅圖弗雷德·哈欽森癌癥研究中間 (Fred Hutchinson Cancer Research Center) 的病毒基因學專家Trevor Bedford也不克不及免俗,上周日連發18條推文就為了辟謠。
這條謠言是:加州2019年秋天到2020年頭的流感其實是COVID-19,所以加州今朝有群體免疫,疫情沒有此外州嚴重。
在國內也可以看到不少文章介紹這個“理論”。
Trevor認為,這種猜測和數據不合適。
他介入的Seattle flu project (西雅圖流感打算)收集了西雅圖地域有急性呼吸道傳染的人的鼻拭子樣本。這些人中一部門有流感樣疾病,若是是新冠病毒傳染,也會因為癥狀合適前提被采樣。
比來,他們檢測了這些收集的樣本里是不是有新冠病毒。
在一月份收集的3600個樣本里面0個是新冠病毒。在二月份收集的3308個樣本里面,最早的新冠樣本在2月21日被采集到,之后總共有10個樣本是新冠測試陽性。這個故事我在以前一篇日志里面特意講過 (見《117疫情不雅察:新冠無癥狀傳染的威脅 | 史雋·Ⅲ》)。
此外,2019年10月到2020年2月的樣本里面有各類各樣的病毒,包羅流感病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、間質肺病毒和通俗的季候性冠狀病毒 (包羅4種:229E,NL63,OC43和HKU1) 。
通俗的季候性冠狀病毒引起的傷風約占傷風的30%,在分子測定法中很輕易與新冠病毒區分隔,沒有混合的可能性。
是以可以推論,2019年10月至2020年1月的西雅圖流感并非是新冠病毒風行造當作的。考慮到西雅圖地點的華盛頓州和加州之間的慎密觀光聯系, 新冠病毒不成能在加州普遍傳播,卻不傳布到華盛頓州。
然而,因為有無癥狀和輕癥狀傳染者的存在,沒有大規模的血清學測抗體的數據,很難精確的估量COVID-19患者的總數。Trevor猜測,今朝確診的病例是現實總傳染人數的5% -10%,是以美國大約有2% -3%的人傳染過新冠病毒。
然而,美國CDC最新計較出的R0值是5.7,這就意味著需要大于
的人傳染事后有抗體才能達到群體免疫。美國離群體免疫的方針還差很遠。
加州的疫情沒那么嚴重,是因為防控工作做得比力到位,而不是因為群體免疫。Trevor Bedford作為作者之一的兩篇預印本文章就比力了海說神聊加州和西雅圖的病毒傳布的分歧之處。經由過程對良多COVID-19患者攜帶的病毒測序,研究人員發現,海說神聊加州的新冠病毒有多個輸入源。而西雅圖只有一個輸入源,就是那位從武漢投親回西雅圖的Amazon的程序員,4周里默默地傳布了整個社區,直到本地疫情暴發。
Trevor Bedford的兩篇文章:
Cryptic transmission of SARS-CoV-2 in Washington State
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.02.20051417v1
A Genomic Survey of SARS-CoV-2 Reveals Multiple Introductions into Northern California without a Predominant Lineage
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.27.20044925v1
至于怎么估算現實的新冠病毒傳染者的總數,Trevor在4月7日的9條推文中講過。
傳染病毒今后大約在第6天人會發生抗體,即使恢復今后,抗體仍然可以在體內存在好幾個月 (新冠病毒到底可以或許存在多久的具體數據還沒有,良多猜測是6-12個月) 。因為有無癥狀或者輕癥狀傳染者的存在,要知道人群中到底有幾多人曾經傳染過新冠病毒,經典的檢測方式就是測血液里可以連系新冠病毒的特異抗體。
近似的“血清陽性率”也曾用于早期的一些流行癥研究。例如豬流感 (swine flu) 風行后一年,抗體檢測發現全宿世界約35%的人傳染過這個病毒(https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0020358)。
而Zika病毒在巴西東海說神聊部大風行時代約傳染了本地60%的生齒 。(https://mbio.asm.org/content/8/6/e01390-17.short)
有一個研究按照歐洲列國傳染和滅亡總數,猜測列國新冠病毒現實傳染者占總生齒的比例在1%至15%。
截至2020年3月28日,模子估算的歐洲列國現實傳染過新冠病毒的人數百分比。(https://imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-13-europe-npi-impact/)
在美國,比來加州有兩個研究團隊做了兩個小規模的抗體測試。
第一個社區測試是在加州海說神聊部的Santa Clara County (圣塔克拉拉縣) 進行的,很多科技公司的總部都設在這里。這個測試招募了社區里沒有被確診過的3,300位居平易近,用的一家生物手藝公司Premier Biotech供給的試劑盒,發現被測試者中有2.5%至4.2%的抗體檢測是陽性。這個數據再次證實海說神聊加州離群體免疫還差的很遠。
圣塔克拉拉縣的總生齒是200萬,用這個數據推算,可能傳染過新冠病毒的人數在48,000至81,000之間。而在抽樣的4月4日至5日,該縣的官方確診人數大約只有1,000人。這意味著圣塔克拉拉縣的傳染過新冠病毒的人數是官方確診數字的50到80倍。
可是有幾點提醒大師注重:
1)這個排查的采樣量還不是很大。
2)圣塔克拉拉縣的成果并不克不及推廣到美國所有的地域。
3)這個試驗是在收集上招募自愿者的,自愿者不克不及算是整個社區居平易近的典型代表,因為社區里并不是所有人城市上彀存眷這類告白。
隨后還需要進一步闡發,才能知道有幾多抗體檢測陽性的人因為無癥狀,因而從不知道本身曾傳染過病毒。
南加州大學 (University of Southern California) 的另一個團隊正在加州南部的洛杉磯地域進行近似的抗體檢測。
而美國CDC也在進行大規模的抗體測試,包羅三個排查:
第一個是在疫情嚴重的地域抽查沒有被確診過的人;第二個是全國的排查;第三個是醫護人員的排查。(見今天的頭條則章)
但愿很快能看到這些測試的成果,從而能知道全平易近傳染的真實數據,而且估算無癥狀傳染率。
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