三域系統中的細菌域只包含細菌王國古生菌和細菌主要與復雜的遺傳學有關當Woese第一次發表他的建議時,基因研究似乎認為這兩個王國是共同祖先的后裔,而且他們非常相似,不需要單獨的領域。因此,最初人們對三域系統持懷疑態度然而,進一步的研究表明,Woese是對的,這些生物在基因上是如此的不同,以至于它們需要自己的結構域。古生菌和細菌都是原核生物,但它們的細胞結構明顯不同,它們有非常不同的核糖體RNA,這表明這些領域在很久以前就發生了分歧,而且在很大程度上是不相關的古生菌,只有一個王國,也叫古生菌。細菌界也只有一個王國,稱為細菌。真核生物可分為四個領域:動物、植物、真菌和原生生物。在每個領域內,有巨大的生物多樣性,從極端親生的古生菌,它們在會導致死亡的環境中茁壯成長地球上大多數其他生命都來自植物界脆弱的熱帶蘭花。這個系統對研究原核生物的人來說尤其重要,由于三域系統強調了細菌和古生菌的區別,研究人員通常專攻其中一個領域,利用基因研究來了解他們研究的生物體的更多信息有些人仍然使用兩帝國系統,它將細胞生命分為原核生物和真核生物,然后再分成各自的王國,但這種情況越來越少見古生菌,包括沒有核膜的成員,如嗜熱嗜酸菌,可在高溫酸性水中發現。
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