T細胞在胸腺中成熟。T細胞在骨髓中產生,但在靠近心臟的胸腺中成熟,骨髓中產生B細胞。盡管它們的起源地不同,但這兩種細胞都使用相似的克隆缺失方法,以確保對自身抗原有反應的成熟免疫細胞不會釋放到血液中。在成熟過程中,這些細胞與有限范圍的細胞接觸,如巨噬細胞和胸腺樹突狀細胞。這些細胞有多種表面蛋白質,稱為抗原,它們呈現給免疫細胞,因此那些產生反應的細胞可以被清除以胸腺為例,胸腺樹突狀細胞利用一種呈現過程,允許T細胞嘗試結合表面蛋白,篩選克隆缺失,未成熟的T細胞與胸腺細胞形成蛋白復合物一旦這種蛋白復合物形成,它就會在T細胞中觸發一個叫做凋亡的自毀序列,這樣它就不會成熟并進入人體,如果遇到另一個含有這種蛋白質的細胞,它可能會引發有害反應人體內除了胸腺和骨髓中的細胞外,還含有許多其他類型的細胞,因此克隆缺失必須解釋在這些組織中通常不存在的自身抗原。胸腺通過擁有胸腺樹突狀細胞來實現這一點,胸腺的表面蛋白通常在別處發現,例如在胰腺組織中,通常對這些胰腺蛋白起反應的免疫細胞會發生克隆性缺失,而骨髓中成熟的B細胞也會受到類似的調控。有些疾病,如糖尿病,可能部分是由于機體不能將全身的抗原提呈給成熟的免疫細胞,使這些細胞成熟并攻擊健康組織。
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