在實驗室結果出來之前,從喉嚨后部采集的樣本可以生長幾天一旦細菌被培養出來,各種各樣的工具就可以用來為它的身份提供線索。最基本的一種是革蘭氏染色法,它用化學染色法將細菌分為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌。其他染色劑可以用來增強對比度,使細菌更容易在顯微鏡下看到。顯微鏡下的視覺鑒定通常可以通過熟悉的細菌種類來完成,特別是那些形狀獨特的。細菌鑒定庫里有更多的工具。研究人員可以使用血清學方法,基因測序包括將一個未知細菌的樣本暴露于各種抗體中,看看是否有一種反應或基因測序,在這種反應中,細菌的遺傳密碼被解開。基因測序還可以用來區分兩種密切相關的細菌菌株,提供一種菌株對某一種特定菌株產生反應的原因藥物治療的過程,而另一個沒有。也可以研究對各種化學物質和刺激的反應,如紫外線輻射。細菌鑒定通常在實驗室進行,因為實驗室有醫療設備、化學藥品和在追蹤細菌身份過程中使用的工具。一些實驗室專門培養和鑒定醫院和診所的樣本,而其他實驗室則專注于研究,識別新的和未知的細菌樣本,以便對它們進行分類嚴格控制實驗室環境,防止實驗室工作人員受到污染和意外感染,在高安全性的實驗室里,科學家們正在研究具有特殊毒性的生物體,這些實驗室為科學家們提供了幾層保護。
熟悉的細菌通常可以通過形狀來識別。
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