什么是霰彈槍測序(Shotgun Sequencing)？

鳥槍測序法是一種DNA測序方法，它將一長串DNA物理地分解成小片段（約2000個堿基對），通過計算機分析進行克隆、測序和組裝。它由Celera公司的Craig Venter開發并聞名于世。Venter于1996年在工作時開發了這項技術Shotgun測序...

鳥槍測序法是一種DNA測序方法，它將一長串DNA物理地分解成小片段（約2000個堿基對），通過計算機分析進行克隆、測序和組裝。它由Celera公司的Craig Venter開發并聞名于世。Venter于1996年在工作時開發了這項技術Shotgun測序是1996年發展起來的一種DNA測序方法Venter于1998年成立了Celera，其任務是在三年內對人類基因組進行測序，這一目標與已經開始運作的人類基因組計劃直接競爭，一個大學聯合體，利用一種稱為map-based或BAC-to-BAC測序的老策略對人類基因組進行測序。這種方法首先將基因組分成15萬個堿基對片段（稱為BAC），按順序組裝BAC，然后對每個BAC進行詳細測序在shotgun測序中，一個很長的DNA序列被分成小塊。全基因組shotgun測序繞過BAC的創建和定位，從DNA測序開始這個過程首先從感興趣的有機體中獲取高分子量的DNA樣本，然后通過窄口徑注射器或聲波將其物理破碎成小塊，這是一種利用聲波破碎樣本的方法。剪切是一個隨機過程，所以片段的序列在它們之間會有一些重疊。剪切并不會特別產生測序所需的2000個堿基對片段，必須從混合物中純化出所需大小的片段。下一步是將DNA片段與載體DNA連接起來，這個過程稱為克隆，它創建了一個測序文庫，從中可以創建整個基因組的序列。文庫中每個克隆的序列都是確定的，計算機分析用來找出每個片段中重疊的或連續的序列。將重疊的部分組合起來就形成了一個“contig”，這是DNA序列的長時間連續延伸鳥槍式克隆通常會導致contigs之間的一些間隙，因為一些序列偶然地從庫中丟失了。可以通過創建一個新庫或使用已知序列從contig向外擴展來填補空白。因為散彈槍測序隨機測序DNA片段，許多片段測序不止一次，與每個片段只被測序一到兩次相比，我們更能確定序列的正確性。人類基因組計劃使用基于地圖的測序方法和Celera使用散彈槍進行測序測序。鳥槍測序現在是其他種類基因組測序的首選方法植物擬南芥、水稻、牛、狗、雞、黑猩猩、大鼠、小鼠、河豚等多種生物的全基因組，許多微生物都是用這種方法測序的

發表于 2020-07-26 05:57
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分類：醫療衛生

什么是霰彈槍測序(Shotgun Sequencing)？

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