一些海洋生態學家研究珊瑚礁和其他海洋生態系統淡水生態涉及河流、湖泊、溪流、季節性水體、地下水沉積和周圍地區,而海洋生態則與海洋有關。河口是淡水與咸水交匯的地方,可以由兩個領域的生態學家進行研究,有時兩者兼而有之,在需要淡水和海洋生態學家專業知識的項目上進行合作。由于水系統是相互聯系的,從事水生態各個方面工作的專業人員之間以及水生生態學家與生態專業的其他成員之間有大量的合作
水生生態學家可能會研究石油泄漏對環境的影響生態學家與咸水或淡水有關,在水生生態學方面有許多感興趣的課題水生生態學家研究水中生物的自然種群,了解自然變化和溫度、鹽度、水深、位置和季節等影響的影響。生態學家可能特別對具有經濟重要性的生物或整個生態系統的生物學感興趣
淡水生態涉及河流、湖泊,水生生態學家還對人類與環境的相互作用以及人類活動對水生生態系統的影響感興趣,從海洋石油泄漏到農業徑流在湖泊和溪流中。一些人類活動會產生意想不到的后果,而這些后果在水生生態世界中可能會達到史詩般的規模,因為所有的水最終都會流入海洋,而世界上的海洋都是相連的。恒河中的一種微生物可能最終會在英國的一個港口出現,生態學家們可以探索出一條微生物到達那里,以及人類活動是否起到了作用。在水生生態學領域,有大量的研究領域,包括水資源保護,環境保護,水資源的商業利用、污染、用水歷史、用水政策,以及對全世界各種水生環境中獨特生物的研究。人們通常通過攻讀生態學學位,關注感興趣的水生問題,一些人在研究生院接受高級培訓以獲得額外的資格和經驗
草履蟲廣泛存在于淡水環境中。
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