骨祖細胞被發現在骨膜的內層。膜內骨化利用骨祖細胞直接產生骨骼。許多骨骼是在兒童發育過程中以這種方式形成的。嬰兒在子宮內形成的骨骼,如頭蓋骨,軟骨細胞在股骨頭內形成。這類軟骨細胞也需要借助軟骨細胞的內成骨作用形成,快速再生和鈣化以加強現有軟骨細胞的細胞外基質。骨祖細胞不能產生或修復鈣化的骨為了便于進入,血細胞將其他細胞帶入體內,分解鈣化的基質,使骨祖細胞群足以產生骨骼。骨祖細胞位于骨膜的內層。骨膜是骨的一部分,用于肌腱、韌帶和肌肉。這層外膜提供骨髓中的前體細胞在骨內的連接處也有一個內生的細胞,這些細胞也有助于內生骨的形成。這些內生細胞也有助于內生骨的形成,當病人體內沒有足夠數量的祖細胞來正常愈合骨骼時,祖細胞被用來刺激骨祖細胞。牙科重建就是其中一個例子,患有嚴重或慢性骨損傷的患者也可以通過使用祖細胞從刺激中獲益。
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