如果沒有免疫抑制劑,人體會將器官移植——例如心臟、腎臟、肝臟、肺和胰腺視為外來器官使用免疫抑制藥物的另一個適應癥是器官移植。通常,在沒有免疫抑制劑的情況下,人體會將新器官視為外來器官,并立即引發免疫反應,被標記為"排斥"的器官。某些藥物會減弱或消除這種反應,從而使身體接受器官。最近的一些移植趨勢表明,有一些方法可以在較短的時間內給予這些藥物,但仍能避免排斥反應,從而顯著提高存活率和機體對器官的接受能力
某些免疫抑制劑可能會阻止過敏反應,尤其是哮喘患者免疫抑制劑的作用方式有很多種,它們可以抑制某些產生免疫反應或阻止細胞分裂的基因。有些可以減少炎癥,有些則被用來阻止過敏反應,特別是對哮喘患者。在大多數情況下,雖然這些藥是有益的,它們也會嚴重損害健康。使用免疫抑制藥物的主要困難之一是人體很容易受到病毒、細菌或寄生蟲感染,然而,如果免疫系統沒有受到抑制,患病的幾率就要大得多,使用這些藥物是合理的,但這并不意味著它們沒有明顯的缺點有些免疫抑制藥物很強,使用時需要在醫院隔離病人。這些藥物通常只在短時間內使用,因為如果一直需要隔離檢疫的話,任何一種正常的生活都是非常困難的。其他免疫抑制藥物會導致一個人的疾病數量激增,這些疾病可能比免疫反應正常的人更加嚴重和危險。服用免疫抑制劑的人可能需要特殊的預防措施。這些措施包括接種疫苗,每年注射流感疫苗,避免與患有嚴重疾病甚至輕微疾病的人直接接觸類風濕關節炎的治療可能包括免疫抑制藥物。
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