細胞質連接著細胞和細胞器的所有細胞器。這種細胞基質大部分是由水組成的,但其中溶解了許多東西。有離子、有機小分子和大分子,如水溶性分子蛋白質。構成細胞骨架的細絲也存在于細胞質基質中。胞漿內的離子濃度與細胞外的離子濃度相差很大。這可能對生物體有生理意義。例如,正鉀離子的濃度要高得多,而負的鈉離子濃度要低得多。細胞將負的鈉離子和氯離子泵出細胞,以防止它們吸收過多的水分。細胞溶膠中的鈣含量很少。鈣是一種常見的第二信使,將信號從細胞外傳遞到細胞內的靶點,這些靶點本身又將信號傳遞給分子,從而引發或終止反應。激素與細胞膜受體的結合是鈣信號傳導被激活的一種方式重要的細胞代謝發生在細胞膜內,在細胞器中,如線粒體或內質網(ER)。然而,對酵母的研究表明,大多數細胞的代謝發生在胞漿中。在胞漿中,小分子被降解或合成,為大分子提供基塊,蛋白質是大分子的一個例子,蛋白質的合成發生在細胞質基質中,似乎細胞質中的分子濃度很高,這意味著一個單獨的分子沒有足夠的空間來進行反應,從而增加了其他分子的相對濃度。對蛋白質結合率的估計,以及在實驗生化分析中進行的化學反應,可能不適用于實際情況由于這種擁擠效應,在細胞中發生。在細胞質基質中有一些大的復合物。例如,有蛋白酶體。這些是蛋白質復合物的大集合,可以降解細胞質中發現的蛋白質。另外,其他具有類似功能的蛋白質以復合物的形式結合在一起,因此它們可以通過它們的產物直接從一種酶到另一種酶,這使得整個反應更有效,被稱為通道化。
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