利用HMM，jalview找基因家族

本次介紹不能直接利用pfam號找hmm模型的情況。

東西/原料

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起首，拿到所需要參考基因的卵白質序列，然后將序列導入jalview，進行比對，如圖（剛把序列放進去的時辰，alignment可能是灰色的，稍安勿躁，軟件可能需要反映一會兒）。
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然后成果出來之后，選save as，將文本保留為如下模式
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再隨后將stk文件改為sto文件，并將該文件拖入hmmer文件夾下，即
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然后我們打開號令提醒符，輸入以下，即可獲得hmm文件，即建模。
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然后我們就可以比對啦~我們將hmm文件在要找的物種的卵白序列中進行比對，如圖
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然后就可以獲得所需要的序列咯
END