雖然個別的羊膜苷在某些情況下是有益的,但作為一個整體,這類藥物會帶來一系列潛在的危險副作用。一般來說,任何因使用藥物而引起的醫學問題稱為副作用當副作用涉及對器官的嚴重損害時,副作用可稱為毒性作用。氨基糖苷類毒性通常影響腎臟或耳朵,對耳朵的影響比對腎臟的影響更可能是永久性的當腎臟受到氨基糖苷類藥物的不良影響時,人體無法從血液中排出足夠數量的廢物。多達10%的服用氨基糖苷類藥物的人會出現腎臟問題;高劑量、長療程的治療以及患者年齡的增加使這一問題更加嚴重很可能。耳朵損傷,技術上稱為耳毒性,發生在同樣比例的人身上,某些基因突變會使一個人比其他人更容易患上氨基糖苷類藥物毒性的耳部損傷,兩性霉素B和環孢霉素也會增加氨基糖苷中毒的風險,而且已經有腎臟疾病的人更容易感染。如果病人以前服用過氨基糖苷類藥物,風險也會更高。藥物治療可以逆轉某些人對腎臟的損害,但是耳毒性的益處是不太可能實現的,因此氨基糖苷類藥物毒性是氨基糖苷類藥物的一個顯著的副作用。此外,這類抗生素還可使肌肉狀況(如重癥肌無力)的患者病情惡化,并可延緩琥珀酰膽堿或庫拉索等麻醉劑的恢復醫生在決定對病人進行何種治療時,必須權衡這些風險和感染惡化的潛在風險。
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