MEGA無法畫進化樹，那就用PAUP呀

你是否會遇到用MEGA作圖出現No Common Sites等問題呢？那么試試PAUP作圖吧~

東西/原料

1
先將基因家族的卵白質序列清算并導入MEGA軟件
2
然后再經由過程Align by Muscle的方式，將卵白質的序列進行比對
3
將比對好的成果另存為如圖格局，便利下一步操縱PAUP建樹
4
將保留的文件XXX.nexus格局，導入PAUP軟件中
5
此次臨時只介紹NJ建樹法。
導入后，起首確定外群的名字，假如外群為>PT1，那么輸入
outgroup PT1 按下回車（注重outgroup后有英文的空格）
6
然后按下號令行
Set criterion=distance 回車
再按下號令行
Bootstrap search=nj nreps=1000 keepall 回車
然后
contree 回車

這時辰會呈現進化樹的圖，如下圖所示
7
最后一步保留，Savetrees from=1 to=1000，然后就會保留在桌面了，為XX.tre格局
8
最后用ITOL在線網站http://itol.embl.de/login.cgi ，處置XX.tre圖，以獲得本身最抱負的圖形。ITOL功能很壯大哦，能做出各類組合圖，可以加上各類顏色的。
END