利用Hmm建模找基因家族
如何利用已知pfam號與HMM尋找基因家族
東西/原料
- hmm
- 電腦
方式/步調
- 1
起首，操縱已有的基因號，植物的話上https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html，找到基因的卵白質序列
- 2
隨后，將序列復制，而且進入http://smart.embl-heidelberg.de/
將氨基酸序列粘貼進去，可看見
- 3
點擊紅色指示區域，
- 4
再進入http://pfam.xfam.org/，接下來按照操作一步步走
- 5
下載完畢，將所要找的基因組庫與這個hmm模子均放在hmm的文件夾下面，如圖
- 6
打開下載好的HMM文件，必然要將紅色箭頭標注處改為b，不然windows運行不了
- 7
再打開號令提醒符，即cd
- 8
然后就完當作啦啦啦啦
看圖
END
注重事項
- hmm下載后的文件，必然要必然要將紅色箭頭標注處改為b！！！
- 發表于 2020-04-03 19:00
- 閱讀 ( 1396 )
- 分類：其他類型
admin
0 篇文章
作家榜 ?
-
xiaonan123
189 文章
-
湯依妹兒
97 文章
-
luogf229
46 文章
-
jy02406749
45 文章
-
小凡
34 文章
-
Daisy萌
32 文章
-
我的QQ3117863681
24 文章
-
華志健
23 文章