母親的免疫細胞被認為是兒童自身免疫性疾病的罪魁禍首有研究表明,微嵌合體可能引起一些自身免疫性疾病,如狼瘡母體免疫細胞的存在被認為是兒童自身免疫性疾病的罪魁禍首,如青少年皮肌炎。一些系統性硬化癥(一種損害皮膚、關節和一些內臟的疾病)可能是由母體內的胎兒免疫細胞引起的,一些研究表明胎兒免疫細胞的存在與乳腺癌有關。自身免疫性疾病在女性中比男性更常見,胎兒細胞的作用可能是其原因之一。
來自胎兒的細胞和免疫系統可以通過胎盤進入母體然而,這方面的研究還不明確,胎兒或母體免疫細胞在受這些疾病影響的組織中的頻繁出現,可能表明它們導致或促成了疾病,但這也可能意味著外來細胞的存在是因為它們有助于對抗疾病或減輕損害。因此,也有人假設某些微嵌合體實際上是有益的。在某些動物中,例如牛,胎盤在子宮內結合在一起,共享血液循環,因此,在子宮內,細胞很容易在異卵雙胞胎之間傳遞,導致微嵌合體。在男女胎兒以這種方式結合的情況下,性激素在發育過程中的交換使雌性部分變得男性化這阻礙了生殖器官的正常發育,導致了所謂的freemartin,一種可能具有部分男性特征的不育女性。微嵌合體的存在被用來確認女性是freemartin,因為她的血液中含有來自雙胞胎的男性遺傳物質的細胞
微嵌合體在懷孕期間很常見。
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