細菌是腸道中的主要生物。在正常情況下,人類宿主與其腸道菌群之間有一種共生關系,二者相互有益人體宿主為腸道菌群提供食物和穩定的環境,同時腸道菌群通過防止有害細菌在腸道內定植,防止腸道炎癥,促進免疫系統發育,增強食物和水分吸收,為人體宿主提供益處,合成維生素K和B12,通過屏障作用阻止有害細菌的生長,這意味著腸道菌群粘附在腸道內壁上,與有害細菌競爭并抑制其入侵。它在預防腸道炎癥和促進免疫系統發展方面的作用歸因于腸道菌群刺激腸道中的淋巴組織產生抗體的能力有害細菌。淋巴組織的生長也可能是由短鏈脂肪酸的作用引起的,短鏈脂肪酸是細菌發酵碳水化合物的產物。此外,短鏈脂肪酸控制腸內壁細胞的增殖和分化,有助于防止腸壁的損傷除了碳水化合物發酵外,腸道菌群產生的酶也能促進碳水化合物的吸收。這些酶將碳水化合物消化成對人類有用的能量和營養素。此外,水和鐵、鈣、鎂等膳食礦物質的吸收也得到了增強,這些礦物質也是人體新陳代謝所必需的。
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