印度尼西亞的國旗。印度尼西亞有兩個主要的動物地理區:西部的巽他蘭和東部的華萊士。這兩個區被華萊士線劃分,位于婆羅洲和蘇拉威西島之間的一條假想線。該線以西主要是與亞洲有關的物種,東面是澳大利亞物種。總的來說,印度尼西亞大約有一半是無人居住的,大部分被雨林所占據。
人類活動已經使猩猩瀕臨滅絕。在巽他蘭,本地有381種哺乳動物,其中173種是特有的。在過去的冰河時期,該地區的海平面很低,動物可以從亞洲大陸遷徙到島嶼上。因此,這里可以找到老虎、犀牛、大象和豹子。印度尼西亞特有的最著名的物種猩猩,在婆羅洲和蘇門答臘島,它們構成了兩個不同的物種。這些橙色的類人猿是高度智能的工具使用者,但它們受到人類活動和棲息地破壞的威脅。美麗的蘇門答臘虎,最小的老虎,可以在島上的離子斑點上找到,在那里它只有500只個體蝙蝠是印度尼西亞兩種有胎盤的動物之一,印度尼西亞特有的另外兩種物種是蘇門答臘犀牛和爪哇犀牛,它們是世界上最稀有和最瀕危的大型哺乳動物物種。它們因角而長期被獵殺,角在中醫中有價值。蘇門答臘只有大約300只犀牛和60只爪哇犀牛。需要大量的保護工作來確保這些物種恢復它們的種群數量。這個過程可能需要幾個世紀。在華萊士線以東的華萊士地區發現了印度尼西亞特有的其他物種。華萊士有126種特有物種,包括7種獼猴、5種眼鏡猴、稀有水牛亞屬anoa和長有兩組彎角的豬狀動物babirusa。新幾內亞島上有印度尼西亞特有的物種,如奇特的古德費羅樹袋鼠,許多種嚙齒動物,有些只有一英尺長,美麗的巴布亞犀鳥,著名的科莫多龍,現存最大的蜥蜴。由于唯一的本土胎盤哺乳動物是蝙蝠和老鼠,其他物種,如科摩多龍,采用了原本會被大型胎盤所采用的壁龕。
蘇門答臘虎遍布印尼各地。
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