在數字顯微鏡下可以看到三個草履蟲。類型原始的數字顯微鏡需要使用計算機來查看圖像。顯微鏡頂部的一個盒子里有一根電線,以便與計算機連接,軟件解釋大多數顯微鏡和數碼顯微鏡都不需要連接數碼管取而代之的是一個小監視器,通常在顯微鏡的頂部,傳統上是目鏡,它顯示樣本的圖像。有些顯示器包括一個單獨的液晶顯示器,這樣的多功能一體機通常包括一個硬盤,以便存儲和傳輸圖像。也可以使用便攜式數字模型。這些小型設備的放大率通常是有限的,它們通常必須連接到計算機上才能看到圖像。然而,這些顯微鏡的手持性質可能是一個很大的優勢,由于樣品通常不需要以任何方式移動或改變。相機也可以放置在人眼無法達到的小空間和特殊角度。立體顯微鏡和數字顯微鏡組合包括目鏡,因此它們可以像傳統顯微鏡一樣使用,但是要有一個內置的照相機,可以傳送和保存圖像。在大多數情況下,目鏡的放大率決定了最終圖像的放大率。相機套件也可以附加到一個單獨的立體顯微鏡上,使其成為一個數字顯微鏡。數字放大可以同時放大立體顯微鏡和數字顯微鏡它們的放大率很大程度上依賴于物鏡的光學特性。雖然立體顯微鏡依靠目鏡的光學元件使圖像可見,但相機的分辨率和顯示器的尺寸決定了數碼顯微鏡的放大倍數。這種顯微鏡不一定包括目鏡可以用更大的光學放大倍數來捕捉圖像。此外,圖像還可以進一步數字化放大,特別是用高分辨率相機。數碼放大或變焦可以使圖像變大。當圖像尺寸增大時,構成圖像的微小顏色點,稱為像素,其大小會增加由于這會使圖像看起來像塊,所以會使用特殊的算法來添加新的像素并對其值進行插值。雖然這在理論上會降低圖像質量,但大多數數碼顯微鏡都有高分辨率相機,因此,他們產生的圖像可以和立體光學顯微鏡一樣好或更好。雖然可以將數字圖像放大到超過目鏡所看到的圖像,但是放大率受到在監視器上復制樣本的大小的限制。大多數一體式顯微鏡的視屏相對較小,有時小到3.5英寸(8.89厘米)或更小。甚至更大的單位通常包括一個15英寸(38.1厘米)的監視器,這仍然限制了圖像的大小。在大多數情況下,這意味著數字顯微鏡提供的放大倍數略高于可比立體顯微鏡的一半。立體顯微鏡和數字顯微鏡都是立體顯微鏡和數字顯微鏡放大率和質量各不相同,各有優缺點。盡管圖像放大有缺點,但數字模型的另一個優勢是能夠捕捉和顯示圖像。標本的圖像通常可以很容易地打印出來,一些數碼顯微鏡的分辨率高達5400萬像素。對于那些必須經常使用顯微鏡的人來說,能夠在屏幕上看到圖像可能也會減少眼睛的疲勞。與立體顯微鏡相比,基本的電腦連接的數字顯微鏡通常也更實惠,可以用于更多用途數字操作圖像的能力意味著比簡單的顯示和打印能做的更多;一些科學模型具有高動態范圍,提供更多的圖像對比度,以及三維旋轉和顯示功能。一些模型還提供類似于組織培養顯微鏡的高架LED照明
一體式數字顯微鏡的特點是小屏幕,不需要計算機。
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