創始人效應可以導致某些遺傳特征消失或變得更加豐富這個概念在1952年首次被廣泛討論,當時恩斯特·梅爾在其他人早期理論研究的基礎上提出了創始人效應的概念。梅爾展示了小的孤立種群如何開始與較大的親本種群分化,從那時起,其他人在他的研究基礎上,對孤立的群落進行長期研究,并使用先進的工具分析這些種群中的生物基因組在創始人效應的一個經典例子中,一個小群體從一個較大的群體中分離出來,就像改革時期的阿米什人一樣。當一個小群體仍然是內婚制的時候,意味著人們在社區內結婚,就會造成遺傳多樣性極為有限的局面,因為不歡迎新成員加入社區,這種影響在與世隔絕的宗教社區和島嶼人口中很常見,這兩個群體往往與較大的人口隔絕這種現象的一個影響是某些遺傳特性趨于集中。因為建立的群體很小,如果一個人攜帶了基因突變,這種突變會在群體中被放大。例如,阿米什人的六指畸形發病率比一般人群高得多。近親繁殖引起的問題就是創始人效應的一個例子。如果一個創始者群體被孤立足夠長的時間,它就可以從根本上與達爾文在探索加拉帕戈斯群島的動物時注意到了這一點,盡管他不知道原因。許多人都認為,創始人效應可能是一個非常嚴重的問題,因為遺傳多樣性的降低會導致遺傳表現的增加突變。這是那些試圖拯救瀕危物種的生物學家們特別關注的問題,因為他們必須以負責任的方式培育小規模的初始種群,以盡量減少這種影響。這也是保護公園不斷交易動物的原因之一。
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