有些種類的蝙蝠生活在洞穴里。世界上有許多不同種類的蝙蝠,許多蝙蝠有著完全不同的飲食結構,這導致了它們在生態系統中的角色迥異。例如,許多蝙蝠主要充當昆蟲的捕食者,而其他蝙蝠則以水果為食,通過傳播種子和保持森林健康來服務于生態系統。在大多數情況下,專家認為,這些角色中的許多不一定能被填補如果蝙蝠在哪里滅絕,一些專家認為這種情況的潛在后果可能極其嚴重。對這些危險的擔憂是許多蝙蝠保護努力背后的主要推動力之一。
許多地方的蝙蝠種群受到威脅,導致人類死亡加強對它們的保護。有些蝙蝠生活在樹上,有些蝙蝠生活在洞穴中,而對蝙蝠的最大威脅通常是棲息地的破壞。有時棲息地的破壞會直接傷害蝙蝠,破壞它們生活的地方,而在其他情況下,則可能是間接的。例如,當人們破壞沼澤地和其他昆蟲大量繁殖的地區時,昆蟲數量的減少會導致蝙蝠的食物短缺另一個問題是,一些穴居蝙蝠也生活在舊建筑內,當這些建筑被拆除時,蝙蝠就失去了家園。一些地區甚至通過了蝙蝠保護法,限制毀壞蝙蝠用作庇護所的任何建筑,有些人在其上建有小型蝙蝠庇護所保護蝙蝠的另一個主要威脅是真菌感染,即白鼻綜合征,許多蝙蝠保護工作致力于更好地了解這種疾病。白鼻綜合征導致包括口腔在內的身體各個部位的真菌生長,在冬眠季節,它會導致蝙蝠離開巢穴,最終導致饑餓和死亡。一些專家認為,人類洞穴動物可能是這種真菌迅速傳播的主要原因,盡管這不一定是肯定的。一些專家建議人們在對疾病有更好的了解之前,應該避開洞穴,而其他專家則只是敦促人們不要在兩個不同的洞穴里穿同樣的衣服。
許多地區都有保護蝙蝠不被獵殺的法律。
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