通常包含在線粒體內。根據不同類型蛋白質的名稱,ATP合成酶有兩個主要的亞基,FO和F1。FO亞單位"O"而不是"零"是因為它與寡霉素結合,這對ATP合成的某些方面是必不可少的。ATP合成酶的這一部分嵌入在線粒體的膜中,而F1,簡單地說是"分數1",位于線粒體的基質中。這些亞單位可能曾經是完全分離的蛋白質,具有,在進化史的過程中,被整合到一個在自然界中非常普遍的結構中。
一些ATP合成酶存在于細胞的線粒體中。ATP合成過程需要一些能量,而ATP合成酶則能滿足這一需要。FO亞單位利用質子梯度產生實際合成ATP所需的能量,這種能量發生在F1亞單位質子梯度是一種電化學梯度,它利用跨膜電荷差產生的勢能為各種生化過程提供燃料。有時,質子梯度實際上是最終目標;在這種情況下,ATP可能被消耗以提供所需的能量。ATP的結構和功能合酶在所有生物體中幾乎是一樣的。有時涉及不同的亞基,有時使用不同數量和排列的亞基,但在其核心,所涉及的蛋白質結構域和生化過程非常相似。這種相似性使ATP合成酶從進化的角度來看很有趣。事實上縱觀歷史,這種酶在大多數有機體中保存得如此完好,這意味著這種結構在進化史上很早就被開發出來了。生物學家認為,構成酶核心的兩個F亞單位最初起到的作用基本上是不相關的,但最終能夠結合在一起形成高效合酶。
紅光療法可激活ATP。
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