古細菌是分類學分類的六大領域之一。多年來,科學分類的最高水平發生了幾次變化。1735年,林奈介紹了兩個王國:植物(植物和真菌)和動物界。1866年,德國生物學家恩斯特·海克爾(Ernst Haeckel)為所有單細胞生物引入了另一個王國,原核生物。1937年,法國生物學家Edouard Chatton根據對細胞的更詳細觀察,將生命劃分為兩個"帝國"——原核生物和真核生物在植物、動物和細菌中,發現植物和動物在細胞的復雜性和細胞核的存在上有著基本的相似之處,而細菌則缺乏細胞核和細胞器(細胞內結構)在50年代、60年代和70年代之后,又發生了幾次重大的更新,這是生物學發展迅速的時期。赫伯特·科普蘭在1956年將系統更新為四個王國,當時他將原核生物更名為莫內拉,并將真核生物分成三個王國:原核生物、植物界和動物界。另一個變化發生在1969年,當時羅伯特·惠特克分裂了原生質體分為真菌和原生質體,首次為真菌提供了自己的頂級分類。1977年,卡爾·沃斯和他的合作者引入了迄今為止最擁擠的頂級系統,共有六個王國:真細菌,古細菌,原生動物、真菌、車前草和動物然后,在1990年,這個系統被Woese大大簡化,減少到三個領域:細菌,古菌,真細菌是目前使用的最高級分類系統。
真細菌被認為是科學分類的六大王國之一。
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