有時,古生物學家會挖掘出難以分類的化石。有些化石非常神秘,甚至不知道它們屬于什么動物門。有些化石,比如文多佐,大約6億至5.42億年前埃迪卡拉紀時期神秘的絎縫"床墊"和袋子,已經被初步分配到了它們屬于自己的門。其他的...
有時,古生物學家會挖掘出難以分類的化石。有些化石非常神秘,甚至不知道它們屬于什么動物門。有些化石,比如文多佐,大約6億至5.42億年前埃迪卡拉紀時期神秘的絎縫"床墊"和袋子,已經被初步分配到了它們屬于自己的門。其他的則沒有被定位,對它們的親和力有著相互矛盾的解釋。一種分類未知的化石被稱為"incertaesediis",拉丁語,意為"不確定的位置"。

將恐龍和鳥類聯系在一起的過渡物種很難分類。從多細胞生命誕生之初起,在伊迪卡拉紀和寒武紀時期,難以分類的化石生物數量最多。多細胞生命出現在埃迪卡拉紀,大約6億年前。這一時期的化石非常原始,很難分辨它們是什么。其中一種化石生物是第一批生物礦化的生物,其中只有一個鈣質的管狀體。化石生物方面的專家稱之為原始海綿,一種類似珊瑚的蛇床子化石(與(水母),甚至是一種早期的蠕蟲。

人類學家仍在爭論尼安德特人在人類譜系樹上的歸屬。埃迪卡拉紀生物群的化石生物是最神秘的,埃迪卡拉紀生物群是第一個已知的多細胞生態系統,如前所述,由各種充液袋、復葉和具有特征性絎縫圖案的床墊組成伊迪卡倫生物群的一個標志性成員,夏爾尼亞,看起來有點像現代的刺胞動物,海盆,導致一些科學家將埃迪卡拉紀生物群歸類為沒有刺細胞的刺胞動物,但其他研究人員稱它們為地衣、真菌、巨型原生生物、基底后生動物、細菌菌落,此外,這個問題仍然沒有得到解決。其他化石生物的分類一直是一個挑戰,來自寒武紀,這一時期發生在埃迪卡拉紀之后。其中最著名的是食肉類蝦類生物,它的組成部分曾經被認為是三種不同的生物最初,它的一條分離的"手臂"被認為是甲殼類動物,它的嘴,形狀像菠蘿片,被誤認為是水母,它的身體被歸類為海綿。直到1985年,科學家才意識到這些是食肉性原始節肢動物的一部分,已知的最大的寒武紀食肉動物,長達一米。其他已被證明難以分類的化石生物包括寒武紀
Wiwaxia、
Opabina、Odontogriphus和許多其他生物。在寒武紀之后,許多生物定居到了成熟的門中,并變得更容易分類。