體內的體細胞通常包含相同的DNA。當外來抗原(如微生物)與免疫系統接觸時,它就會被識別由于B細胞不熟悉,B細胞被激活并刺激增殖。在增殖過程中,免疫球蛋白可變區DNA以非常高的速度轉錄和翻譯,大約比正常突變快105-106倍。這種體細胞過度突變能快速反應,這對有效的免疫系統至關重要。
免疫球蛋白基因的某些區域形成抗體抗原結合位點,并有助于每種抗體的特異性超突變被認為是通過激活誘導脫氨酶(AID)使DNA中的胞嘧啶堿基脫氨,將其從脫氧胞苷轉化為脫氧尿嘧啶,從而產生新的DNA。這種新的DNA含有尿嘧啶-鳥嘌呤錯配,因為尿嘧啶通常出現在RNA中,與腺嘌呤配對,鳥嘌呤通常與DNA中的胞嘧啶配對,通過一種高保真的DNA修復酶尿嘧啶DNA糖基化酶(UNG2)去除該突變,然后用DNA聚合酶合成新的DNA鏈然而,這一過程容易出錯,會導致不正確的堿基在脫氨基的起始位置或相鄰堿基對的替換,這就形成了一個容易引起插入和缺失突變的"熱點",體細胞超突變的結果隨后被轉錄和翻譯,從而產生大量的堿基具有不同受體和特異性的B細胞,這些B細胞具有對最初刺激增殖的抗原表現出最大親和力的抗體,然后分化為漿細胞,產生相應的,特異性抗體,這些分化和親和力成熟將使免疫系統在將來遇到抗原時產生更大、更有效的反應。個體免疫細胞發生體細胞過度突變,因此,它只在一個特定的細胞系內傳播。而且,突變不會遺傳給任何后代。然而,問題也會出現,因為體細胞過度突變還涉及到細胞自動選擇來對抗生物體自身的細胞。如果這一過程失敗,可能會引發自身免疫反應。
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