有兩種核苷酸被用來制造DNA和RNA鏈:嘌呤和嘧啶。所有核苷酸的基本結構相似,它們由一個五碳糖分子組成,該分子與一個含氮堿基和一個磷酸基。含氮堿基的結構是嘧啶和嘌呤的區別。它們的合成方式也不同。嘧啶的生物合成既可以發生在生物體內,也可以發生在外界,嘌呤和嘧啶的生物合成有兩條不同的途徑,分別是從頭和挽救,在從頭合成過程中,核苷酸是從頭開始合成的,或者一種新的嘧啶從組成它的分子中產生出來。已經形成的嘧啶在搶救性生物合成過程中被使用或回收。在這兩種情況下,這一過程的最后一步是將嘧啶與核糖糖結合。嘧啶生物合成與嘌呤生物合成的主要區別在于嘧啶或嘌呤的組裝方式。在嘧啶生物合成過程中,嘧啶首先生成嘧啶,然后附著在核糖糖上。相比之下,嘌呤就建立在核糖糖上核糖糖。嘧啶含氮堿基由一個六元環組成,環內1和3位含有兩個氮原子。這是嘧啶在與核糖糖連接之前完成的部分由兩個前體分子氨甲酰磷酸(氨甲酰-P)和天冬氨酸形成嘧啶有六個步驟。根據生物體的類型,不同數量的酶用于完成嘧啶生物合成的六個步驟。在細菌中,有六種不同的酶,或者每一步一個。哺乳動物體內只需要三種酶。制造嘧啶需要幾個不同的化學反應。前兩個步驟涉及氨甲酰-P的生成,然后氨甲酰-P被連接到含有一個氮原子和兩個氫原子的胺基(-NH2)上。此時環是封閉的,提供了含氮堿基的基本結構。最后三個步驟完成嘧啶環并連接到五個碳核糖糖上。
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