蛋白質配體研究可用于開發新的疫苗和藥物。原子,分子,離子都可以作為蛋白質的配體。一個典型的例子是抗體。抗體鎖定在蛋白質表面的受體位置,就像病毒外膜上的受體一樣。酶和體內的許多其他結構在構建蛋白質配體時利用蛋白質配體來實現各種功能
測試可以利用已知的配體和蛋白質來標記樣本中感興趣的結構。在科學研究中,人們可以通過觀察蛋白質來識別潛在的結合或對接位點。位點的位置可以提供關于它是哪種蛋白質的信息,以及它在體內的功能。這種研究也可以反過來進行,通過識別配體,找出它們在體內循環時可能與什么結合。有些配體的作用范圍很廣,可以連接許多不同的蛋白質,而另一些則非常精確,藥物開發使用蛋白質配體研究,制藥公司需要確定細胞和結構(如病毒)的靶點,以便有效地治療患者例如,通過找到一種特定有機體特有的蛋白質,該公司可以開發出一種蛋白質配體,將其固定,攜帶藥物殺死該生物體或停止其繁殖。目標蛋白的鑒定也有助于疫苗的開發。這些結構也可能是公司感興趣的如果醫生想在實驗室里找到一個已知的病毒結構的樣本,醫生可以用熒光標記來檢測病毒的結構,配體會被鎖定并點亮以顯示感染的存在。蛋白質和相關配體的數據庫是可用的。許多是免費使用的,為了促進科學研究。制藥公司維護的私人數據庫可以包含藥物開發中使用的專有信息。在申請專利的過程中,公司必須解釋藥物是如何起作用的,這可以提供有關所用目標的信息,允許其他公司進一步研究。
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