大多數數碼顯微鏡都是通過USB線連接到計算機上的。數字顯微鏡有多種用途。首先,拍攝視圖可以保存圖像,以便于記錄和傳輸。圖像可以存儲、共享在文檔中,或通過互聯網傳輸。第二,投影視圖可以使檢查人員避免長時間俯視顯微鏡。第三,較大的投影圖像可能會使一些在顯微鏡下看不太明顯的東西變得突出。第四,投影視圖可以更容易地與其他人同時分享視圖。
一些數字顯微鏡配有自己的觀察屏幕。有些單眼光學顯微鏡是為數碼相機或攝像機設計的,可以放在一個目鏡上,而有些三目顯微鏡就是這樣制作的任何一種類型的相機都可以連接到第三個目鏡上,而第三個目鏡是專門為這個目的而設計的。有些數碼顯微鏡是在第一次購買時附帶組件的,而另一些則是通過增加相機來制造的,如果有必要的話,還可以在以后的某個時候用一個耦合器來固定它,結果就是一個數字顯微鏡
在數字顯微鏡下可以看到三個草履蟲。集成數字顯微鏡與光學顯微鏡的結構不同之處在于它沒有目鏡。它不是目鏡和物鏡放大的產物,而是依賴于監視器上放大的復制品,因此顯示器的尺寸是關鍵。此外,光學顯微鏡中的鏡頭是為人眼設計的,而不是照相機。因此,將數碼相機附在光學顯微鏡上制成的數碼顯微鏡,其圖像質量可能低于用集成數碼顯微鏡制作的數碼顯微鏡。一些最先進的數碼顯微鏡有一個集成的照相機顯微鏡,并隨顯示器一起出售。例如,這種模型是由東京的Hirox制造的該公司于1986年制造了第一臺數字顯微鏡。USB端口和火線的發明使制造一種直接連接計算機的數字顯微鏡成為可能,這不僅導致了價格較低的型號,同時也適用于為兒童制作的玩具模型。尤其是兒童模型,可能會有一個應用程序,用于對圖像進行活動,例如制作明信片或海報。
數字顯微鏡可以通過USB電纜連接到計算機上。
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