去除牙菌斑可能會不足以預防蛀牙和牙周病。口腔微生物學的研究變得更加困難,因為許多寄生于口腔的微生物在實驗室條件下不會生長。最近,細菌鑒定技術的進步使人們能夠從其DNA中收集和鑒定微生物。這項技術已被用于人類微生物組項目,它的目的是繪制正常存在于人體內的所有細菌。已經確定口腔中不同微生物的數量超過700種。
口腔中有害細菌的積聚可能會導致口臭。不同微生物之間的相互作用可能意味著某些微生物產生抑制或促進他人生長的因子。變形鏈球菌是一種已知的能產生引起蛀牙的酸性物質的細菌,如果它居住在另一種產生堿性物質的細菌附近,對健康的威脅可能較小這些細菌往往是口腔的早期定植者,它們具有特殊的能力,使它們能夠粘附在牙齒和牙齦上,而后來到達的細菌則依賴于附著在早期定居者身上。隨著研究人員對口腔微生物學的不斷了解,似乎只要去除牙菌斑,其中含有微生物的物質可能不是解決牙齦和牙齒疾病的最佳方法。去除所有微生物后,留下的空間可能會被更有害的微生物占據。這可能會取代一些微生物的潛在有害影響而不會對健康構成威脅的細菌的平衡組合被周圍的人中和或抑制。一些口腔微生物學研究人員認為,可以利用有益的細菌來改變口腔內微生物的平衡。如果能將活菌引入口腔,這將抑制產酸微生物的生長并無害地取代它們,這有助于減少齲齒。另一種去除有害細菌的方法是用抗微生物物質攻擊它們,這些物質會附著在只與有害物種結合的分子上。
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