凋亡蛋白觸發并協助細胞自我毀滅。凋亡的過程促進了細胞的自我毀滅細胞死亡。當一個細胞因感染或損傷而失去功能或對機體構成威脅時,細胞凋亡會導致細胞自毀。在細胞生命以這種方式結束后,細胞會分裂并被其他細胞吞噬。在細胞生長疾病中,如癌癥,這個過程在某種程度上是被抑制的。細胞凋亡在大多數生物體中是一個基本的維持過程;例如,在普通人中,凋亡每天會摧毀大約600億個細胞。凋亡蛋白可以監測細胞內外的變化。這些變化可能來自有毒物質、激素,或者其他方法。當這些蛋白質檢測到異常情況,如DNA損傷或病毒感染時,它們會發出信號,觸發細胞內的破壞過程。一些促凋亡的蛋白質也專門起到抑制腫瘤發展的作用,比如P53蛋白。除了檢測細胞凋亡的必要性外,蛋白質也可以在實際過程中扮演重要的起始角色。例如,在常見的細胞凋亡形式中,一種叫做線粒體的細胞結構會釋放出一種叫做細胞色素c的蛋白質。這種蛋白質會觸發一種叫做半胱天冬酶的蛋白質物質,分解細胞中的其他蛋白質,從而產生多米諾骨牌效應,其中更多分解細胞其他部分的物質被激活線粒體本身往往是靶向的,因為它是細胞呼吸的一個重要中心。癌癥和其他疾病可以由體內過多的抗凋亡蛋白(稱為凋亡蛋白抑制劑)發展而來。這個特殊的蛋白質家族通過抑制引導細胞分裂的蛋白質和物質的釋放。在許多腫瘤中發現的BCL-2蛋白和X-連鎖凋亡抑制劑(XIAP)分子就是其中的兩個例子。雖然缺乏凋亡可能是有害的,過多的過程會導致體內正常的細胞和組織萎縮,這種結果與人類免疫缺陷病毒(HIV)感染者以及其他感染性疾病的免疫細胞的破壞有關。
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