對于第一臺復合顯微鏡的發明者,目前還沒有達成共識。大多數權威人士認為,這臺儀器是由荷蘭眼鏡和眼鏡制造商扎卡里亞斯·詹森(Zacharias Janssen)于1595年左右在荷蘭米德爾堡發明的,有人認為他得到了父親漢斯·詹森的幫助,...
對于第一臺復合顯微鏡的發明者,目前還沒有達成共識。大多數權威人士認為,這臺儀器是由荷蘭眼鏡和眼鏡制造商扎卡里亞斯·詹森(Zacharias Janssen)于1595年左右在荷蘭米德爾堡發明的,有人認為他得到了父親漢斯·詹森的幫助,兩人一起設計和制造眼鏡和眼鏡。然而,其他一些權威人士認為,住在同一城鎮的德國人漢斯·利帕希(Hans Lippershey)同時也是眼鏡制造商,發明了第一臺復合顯微鏡,盡管他是由于發明了望遠鏡,人們對他發明顯微鏡的懷疑要多得多。據認為,相互認識的利伯希和詹森夫婦都為這兩種儀器的發展貢獻了思想復合顯微鏡能夠將物體放大400倍。復合顯微鏡至少使用兩個獨立的透鏡,比僅使用一個透鏡的放大倍數要大得多由一個焦距較短的相對強大的透鏡(稱為物鏡)和一個較大但焦距相對較小的透鏡組成,稱為目鏡;待檢物體置于物鏡下,通過調節與物鏡的距離使其聚焦。

現代復合顯微鏡詹森一家,由于他們的職業,本應熟悉鏡片的制造和性能,人們認為第一臺復合顯微鏡可能是在他們試圖制造更強大的眼鏡的過程中出現的。詹森家族最早的儀器都沒有幸存下來,但是,在米德爾堡博物館可以看到第一臺仍然存在的復合顯微鏡,它被認為是詹森家族制造的。它不像現代顯微鏡那樣有一個支架,一個可以放置標本的平臺和可以互換的物鏡來提供一系列的放大率。相反,它類似于一個小型望遠鏡,它由兩個管子組成,每根管子的一端都有一個透鏡,放在一個稍寬的管子里,這樣它們就可以前后移動,聚焦在感興趣的物體上,并改變放大倍數。雖然這種顯微鏡顯然是設計成手持式的,有人提到了另一種早期的顯微鏡,它是由詹森夫婦建造的,它站在一個三腳架上,看起來可能更像現代儀器。現存最早的復合顯微鏡只能將物體從大約三個物體放大然而,它的工作原理與現代顯微鏡相同,并為開發能提供更高放大率的儀器鋪平了道路,開辟了一個以前不為人所知的微觀世界。17世紀后期,另一位荷蘭業余科學家安東·范·列文虎克,用他自己設計的顯微鏡來研究水滴中的微生物;然而,盡管比詹森的復合顯微鏡更強大,列文虎克的顯微鏡只有一個球形透鏡與列文虎克同時代的英國科學家羅伯特·胡克(Robert Hooke)對復合顯微鏡做了許多改進,使其能夠獲得更高的放大率。他1665年的《顯微照片》(Microphophia)記錄了他對昆蟲、細胞和微生物的觀察,并幫助將復合顯微鏡確立為一種基本的顯微鏡科學家用儀器。