全世界的飲用水都來自淡水生物群落,而不是像海洋生態學家那樣研究廣闊的咸水世界,從事淡水生態學研究的科學家主要研究非咸水水體的生態系統,如湖泊、池塘和溪流。有些科學家還可能研究以淡水為主的濕地環境。淡水生態學家收集的信息有助于動植物的保護工作,草履蟲廣泛存在于淡水環境中。在淡水生態研究中,科學家們試圖準確地了解一個淡水水體是如何在日常生活中生存的。每一個細節,從忙于制造藻類的微生物生物中,對目前的大型爬行動物或鳥類捕食者來說,會影響生態系統的生命。新的因素可以極大地破壞和重組生態系統,包括引進外來物種、新工廠的化學徑流,通過了解這些水體在正常情況下的行為,淡水生態學家可以對新的因素對當地環境的影響做出有根據的猜測
淡水濕地環境可以支持中小型動物。為了保護動物,淡水生態學可以大致準確地描述動植物種群是如何在其環境中生存的。這有助于確定一個正在衰落的物種是否被管理機構賦予保護地位,或者一個已經瀕臨滅絕的物種是否正在因保護努力而恢復。盡管大多數工作都是基于概率和人口圖而不是文字上的普查,淡水生態學家可以相當清楚地了解一個物種的發展方向,并確定決定其狀況的關鍵因素。人類也受益于淡水生態的研究。作為生態系統的最大組成部分,對水進行不斷的測試和分析,以獲得諸如化學成分和可能的危害等重要數據。淡水生態學家的工作可以用來確定新的飲用水源的可行性,或者測試現有水源是否可能受到污染。通過保護飲用水源,淡水生態學家不僅對環境有利,而且對自己的物種也有好處。
溪流是淡水生態的一部分。
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