RNA凝膠電泳在程序上與DNA凝膠電泳略有不同,因為RNA分子是單鏈鏈,容易折疊成結構RNA凝膠電泳的第一步是從樣本生物細胞中分離出RNA分子,將樣本組織溶解在一種特定的化學混合物中進行純化,以去除酶RNase,蛋白質,尤其重要的是,在這個過程中,樣品在任何時候都不被核糖核酸酶污染,因為核糖核酸酶催化核糖核酸分子的降解,導致它們分裂。在樣品被純化后,將其冷凍,并加入另一種化學物質使核糖核酸沉淀,或以固體形式從溶液中滴出然后將樣品放入離心機,離心機以高速旋轉,并分離出樣品管底部的固體沉淀物
實驗室使用凝膠電泳分析RNA片段。在DNA或RNA凝膠電泳程序中,純化后的生物分子被添加到平的凝膠板一端的孔中,然后電流流過凝膠。由于DNA和RNA分子帶負電,它們被吸引到凝膠遠端的正極上,凝膠中的孔隙大小固定,因此較小的DNA或RNA片段比較大的片段遷移得更快,后者在多孔基質中的導航更困難凝膠運行一段時間后,切斷電流并檢查結果。此時可以對DNA或RNA分子進行染色并使其可見。每個片段將在凝膠中的不同點顯示為一條帶,這取決于它在凝膠中的遷移距離在比較樣本時,如在法醫學中,確定是否存在匹配的片段是有用的,相同的樣本會有相同的帶型凝膠可以運行,在正常情況下,RNA分子會聚集或折疊成二級結構,影響RNA片段在凝膠中的流動性為了防止這種情況的發生,RNA樣品必須通過在樣品和凝膠中添加一種化學物質(如甲醛)使其變性。
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