有些人可能會因為對菠蘿蛋白酶的過敏反應而出現蕁麻疹。有消化問題的人可以服用菠蘿蛋白酶補充劑至少是一種緩解的措施。例如,當一個人與煤氣或消化不良作斗爭時,這種補充劑可能會有幫助。它也可能對腸易激綜合征患者有幫助。因為菠蘿蛋白酶對蛋白質的消化起作用,一個人可以把它和其他酶結合起來形成一個更完整的消化液。有時人們會把它和一種叫做脂肪酶的酶一起服用。有時人們會服用菠蘿蛋白酶來治療鼻竇感染。當以這種方式使用時,這種補充劑有助于減輕鼻塞和鼻竇的腫脹,也有助于患者在接受耳、喉或鼻外科手術后使用這兩種用途都是菠蘿蛋白酶具有抗炎作用的例子。雖然菠蘿蛋白酶補充劑通常用于幫助消化,但它們的許多潛在副作用也涉及消化過程。例如,這些補充劑可能會引起惡心、腹瀉等癥狀,有些人甚至會出現消化不良,在極少數情況下,服用菠蘿蛋白酶時可能會出現嘔吐和心律失常,也可能會出現月經大量出血和疲勞,雖然對菠蘿蛋白酶補充劑的過敏反應并不常見,對菠蘿過敏的人,在某些過敏的人中,也可能出現與花粉過敏、喉嚨發癢有關的癥狀乳膠過敏也可能對這種營養素有過敏反應。
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